Hubové patogénne organizmy
Z húb je najvážnejším patogénom podpňovka smreková v nepôvodných smrečinách na Kysuciach, Orave a Spiši. Spôsobuje hnilobu koreňov, po infekcii stromu neexistuje účinná obranná metóda proti nej. Porasty, kde sa podpňovka vyskytuje, sa len ťažko prirodzene či umelo obnovujú s rovnakým drevinovým zložením. Podobné poškodenie koreňov spôsobuje aj koreňovka vrstevnatá. Technické znehodnotenie dreva spôsobujú huby zodpovedné za bielu alebo hnedú jadrovú hnilobu. Vážne ochorenia spôsobujú tracheomykózne huby, ktoré mechanicky svojím mycélium upchávajú cievy, čím zabraňujú toku vody z koreňov do koruny. Nekróza kôry a následne rakovina kmeňa znehodnocujú kmeň a napadnuté stromy môžu aj odumrieť. K menej nebezpečným ochoreniam hubového pôvodu patria sypavky na ihličnanoch. Toto ochorenie je charakteristické predčasným hnednutím ihličia a jeho opadom. V kultúrach na extrémnych stanovištiach však môže dochádzať aj k odumieraniu stromov. Múčnatky sú charakteristické pre duby, menej javory a iné listnáče. Vážnejšie sú ohrozené len semenáčiky a sadenice, prípadne jánske výhonky. Nepravidelne sa vo väčšej miere objavujú hrdze na ihličnanoch, predovšetkým na boroviciach, občas aj na jedliach. Sú charakteristické zložitým vývojovým cyklom s medzihostiteľom. Ohrozenie napadnutých jedincov je však nízke. Pleseň buková napáda semenáčiky a sadenice v lesných škôlkach. Pri jej výskyte vznikajú rozsiahle straty. Pleseň sivá je bežná huba na poľnohospodárskych plodinách, burinách a lesných drevinách. Straty na semenáčikoch a sadeniciach môžu byť ekonomicky významné. Padanie semenáčikov je komplex ochorení charakteristický hnilobou klíčkov, zaškrcovaním koreňových kŕčkov a odumieraním semenáčikov v letnom období. Táto skupina je zodpovedná za najväčšie straty semenáčikov.